主要方法是充填。即將齦壞組織去除乾淨，做成一定的洞形，清洗、消毒以後，用充填材料填充，並恢復牙齒缺損的外形，齲壞一般不會繼續發展。淺齲充填效果最好。中齲和深劇的治療，在去淨解壞組織以後，有時洞底已接近牙髓，就需要在洞底加一層護髓劑再填充。有時深蛹在去淨融壞組織以後牙髓就暴露了，就需要先採取牙髓治療，然後才能填充。充填材料主要用銀汞合金或複合充填樹脂。乳牙因要換牙，可以用玻璃離子水門汀填補。
對於沒有形成齲洞的淺齲，可以用藥物治療的方法，能達到一定的療效。常用氟化鈉糊劑塗擦耦損，乳牙可用氟化雙胺銀(塗擦後有變色，故不用於恒牙)。塗藥治療後，仍可能復發，需要每半年復查1次。因此，治療斜齒，愈早愈好。
在兒童齲齒的治療過程中，家長不僅要配合醫生，還應該鼓勵孩子配合醫生，牙齒剛剛補好時，可以吃一些軟的食物，第2天便可以正常使用。
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